Не знаю как ВТБ (это наверное ВТБ Северо-Запад?), а на сайте ВТБ24 в тарифах прямо указано:
Комиссии за услуги, предоставляемые на этапе обслуживания ипотечных кредитов (Вступают в действие с 01.05.2008)
0402.10.04 Комиссия за рассмотрение заявления на выдачу согласия на постоянную / временную регистрацию новых жильцов / жильца в объекте недвижимости, являющемся предметом залога по ипотечному кредиту (в т.ч. НДС) - 3000 рублей(Москва, Московская область, Санкт-Петербург , для остальных регионов 1500 рублей)-решение принимается в течение 3 рабочих дней с даты предоставления Заемщиком необходимого пакета документов.
Я так понимаю, это на прописку тех жильцов , которые не были указаны в списке планируемых проживающих. А поскольку в кредитном договоре наверняка есть пункт о согласии с тарифами банка, то придраться будет не к чему.

Вообще-то прописка-регистрация носит уведомительный характер, почему банк должен разрешать или не разрешать регистрацию в квартире? Вопросы регистрации должен решать собственник.

это так, но сама прописка делается на каком либо основание

если член семьи то банк в топку, если аренда или безвозмездное пользование то нужно согласие банка, если это прописано в договоре.

Автор хочет прописать себя и взрослую дочь. Прописка собственника даже не обсуждается, а дочь член семьи.

Нет, неправильно понимаете.
С меня взяли 3000 руб. за согласие на одновременную прописку меня, мужа, сына, при том, что все были указаны в анкете на выдачу ипотеки.
На руки выдается одно письмо, где перечислены все лица, на прописку которых банк дает согласие.

ВТБ Северо-Запад все свои ипотеки отдал в ВТБ24.

Жесть!
В Абсолюте заемщики могут прописываться сколько влезет, а вот другие должны прийти в банк и подписать бумагу, что в случае чего они в курсе, что живут в ипотечной квартире и обязуются ее быстренько освободить, если банк на квартиру взыскание наложит.
А почему банки так делают? Да потому что квартира является обеспечением кредита, а случись что бодаться в выпиской несовершеннолетних детишек и недееспособных старушек банку не интересно. Вот они и подстраховываются.

А кому пренадлежать вторые 50%?

Автор, у нас тоже ипотека в городском ипотечном агентстве взята. Прописать себя и дочь можно без согласия агентства, его нужно просто уведомить о прописанных лицах (заказным письмом с уведомлением или хотя бы по телефону). Об этом есть специальный пункт в кредитном договоре. Вот только вопрос, который для меня остается открытым - по поводу Ваших 50%.:009:

у нас в уведомительном порядке
банк Дельтакредит