Возьмите отработанные дни "отгулами".

Думаю что это не так. Если она уже провела больничный (официальный документ), то "взять его назад" она не может, а ваша работа при нахождении на больничном - нарушение. И оплатить часть дней как рабочие оснований нет, по табелю вы на больничном.

Законодательство не предусматривает порядка оплаты работы в период временной нетрудоспособности, поскольку само привлечение работника к работе в этот период является незаконным.
Больничный лист удостоверяет временную нетрудоспособность граждан и подтверждает их временное освобождение от работы (п. 1 Порядка выдачи медицинскими организациями листков нетрудоспособности, утв. Приказом Минздравсоцразвития России от 01.08.2007 N 514). Работодатель, знающий о том, что работнику выдан больничный лист, обязан отстранить его от работы (не допускать к работе) до того момента, пока медики не разрешат ему приступить к работе (ст. 76 ТК РФ). В противном случае работодатель может быть оштрафован за нарушение трудового законодательства (ст. 5.27 КоАП РФ). Согласие работника поработать в период временной нетрудоспособности в правовой оценке данной ситуации ничего не меняет.
Вместо заработной платы в этот период выплачивается пособие по временной нетрудоспособности, рассчитываемое в соответствии с Федеральным законом от 29.12.2006 N 255-ФЗ "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством".
Выплатить за дни нетрудоспособности, в которые работник выходил на работу, и пособие, и зарплату работодатель не вправе. В таком случае у него могут быть проблемы как с налоговой, которая не признает его расходы на зарплату для целей налогообложения прибыли, так и с ФСС, который может не возместить ему расходы по социальному страхованию. Кроме того, работодатель таким образом подставится под административный штраф, поскольку выяснится, что он привлекал работника к работе в дни нетрудоспособности.
На практике оплата таких дней обычно производится по договоренности с работником: либо работодатель вообще не передает больничный в бухгалтерию и показывает в табеле рабочие дни (т.е. работнику выплачивается зарплата, как обычно), либо больничный оплачивается, а работнику потом выдается премия в качестве компенсации. С отпуском ситуация проще: это не болезнь, его можно отложить. Отзыв работника из отпуска (с его согласия) разрешен, дни работы после отзыва оплачиваются как обычные рабочие дни, а неиспользованная часть отпуска предоставляется по выбору работника в удобное для него время в течение текущего рабочего года или присоединяется к отпуску за следующий рабочий год (ст. 125 ТК РФ).

Источник http://www.profkam.ru/trudpravo/uridneotl/3977.aspx