как все сложно.... а как сделать чтобы эта собственность стала его (в смысле комната), а не совместная? прописать в соглашении, часть совместной собственности( одна из 2- х комнат) в качестве алиментов, нельзя?

нет, нотариусы работают с четкими документами, а не с расплывчатыми формулировками типа "часть..." . Имущество не всегда делится поровну между супругами. Да и в регистрационной палате на ребенка должны оформить свидетельство о собственности с указанием четкой доли собственности.
Если бы не необходимость увязать с алиментами, то можно было бы просто подарить с согласия БЖ эту комнату ребенку и все. Но тогда повиснет вопрос с зачетом алиментов. Точнее, не будет никакого " в счет алиментов"