Скайп сам как вирус))))очень сложно отловить его траффик,но это так-лирическое отступление
Проблема однозначно либо с компом(с защитными программами) либо с скайп сервером(вернее сервисом voip,раз чат при этом функционирует).Пусть наберет кого угодно,хоть сам себе пусть на мобилу(на город) позвонит,каков будет результат?
Причем тут защитные программы?Скайп очень специфично работает,произвольно меняет порты и использует канал соседа(подключенного к тому же серверу что и вы) или ваш канал))если у соседа маленькая пропускная способность, для передачи своих пакетов.Скайп вообще очень интересно работает-если глубже копнуть-то это ящичек Пандоры)))маленький Скайнет)))
Более подробно, если кого интересует тут
http://www.xakep.ru/post/38543/
Возможно защите не нравится что какая-то программулина периодически меняет порт для передачи траффика например,и она напрочь отрубает этот сервис(службу),но это так-навскидку