Купайте вместе и не парьтесь! До о того возраста пока их либо в труселя одеть, либо уже можно будет кого то оставить в комнате одного!
По поводу совместного купания с мамой- мне так же педиатр говорила что флора у взрослого и ребёнка разная, и тыпы, а на деле ещё неанатолог в роддоме говорила, что, ваш ребёнок из этой самой флоры, пардон и вылез. И если у мамы всё в порядке со здоровьем- то это даже полезно.
Ну и что лучше не купать детей до 3-5 лет в пресной и/или не проточной воде.