Если камнями засыпать, то прорасти насеявшимся семенам намного сложнее булет
Так иногда устраивают розарии и рокарии - закрывают геотекстилем, под розы или хвойники в нем прорезают отверстия, и туда растения сажают, а промежутки засыпают галькой или камнями. Если Вы планируете, что у Вас часть почвы будет закрыта камнями, то геотекстиль это неплохой вариант