Так у вас есть трудовой договор...
А то что она не подала бумажки в налоговую - это её проблемы.
Вам нужно обратится в трудовую инспекцию. Вот ссылка на их сайт
http://git78.rostrud.info/badlist.shtml.
Можете своей работодательнеце пригрозить. Если эта проверка придет к ней то не отстанет еще в течение пару лет...