[Rolph]

Вкратце - так, если мне не изменяет склероз
Примари мастер будет считаться Ц. Секондари мастер Д. Дальше буквы займут слейвы. В зависимости от режима работы SATA-IDE включенные в САТА могут оказаться спереди.
Если на винчестере несколько разделов, то сперва опять же примари, потом экстендед.

Поэтому вижу так. Считаю, что есть два винчестера, по разделу на каждом.
ОС, установленная на ХДД1, считает себя находящейся на Ц. Второй диск и привод - будут Д и Е.
ОС установленная на втором диске (если устанавливалась при наличии первого диска) в принципе должна считать себя находящейся на Д (или Е). И если не изымать/не отключать первый, то все должно быть гладко.