Был у нас такой случай. Обокрали, правда, не начальницу, а ее родную племянницу. Ничего, вызвали милицию и вора нашли. Деньги она вернула и заявление по собственному на стол положила. У нас из сейфа деньги украли, но все знали, где ключи от этого сейфа лежат
Если коллектив дружный, то как вариант всем написать заявление. Правда в этой ситуации начальница потом всех по одному сгнобит.