Женя, нашла свои маршруты для друзей с нашим ровесником с Украины (должны летом приехать), вот примерно так:
1 день.
Аврора (если интересно).
Петропавловская крепость.
Артиллерийский музей (там же можно попить чаю и немного перекусить).
Дальше в зависимости от оставшего времени и сил и по желанию 4 варианта:
I - Зоопарк и Планетарий с окресностями.
II - Прогулка по Каменноостровскому проспекту + Лабиринтум.
III - Прогулка через мост + Марсово поле + Храм Спаса-на-Крови+ Русский музей или Этнографический музей.
IV - Прогулка до стрелки Васильевского острова + Зоологический музей + Кунсткамера.
2 день
Или Пушкин/Павловск, в идеале с посещением Павловского или Екатериненского дворцов, если парки не будут закрыты на просушку (Петродворец в начале мая не стоит, туда лучше после открытия фонтанов ехать) .
Или
Иссакиевский собор с подъемом на колоннаду.
Медный всадник.
Эрмитаж.
При желании и наличие времени один из следующих вариантов:
I - Прогулка по Невскому до пл.Востания (возможно с посещением Дома книги и других интересных зданий на Невском).
II - Прогулка до стрелки Васильевского острова + Зоологический музей + Кунсткамера.
Не знаю как у Вас с Арсением получиться, но из личного опыта, больше 1-1.5 часов тратить на один музей наверное не стоит (мой например устает от обилие впечатлений и эмоций) и еще примерно час на отдохнуть между ними. Правда Арсений судя по вашим постам гораздо серьезней и сознательней чем мой, но в крупных музеях, где можно ходить неделями каждый день с утра до вечера (Эрмитаж, Русский, Этнографический, Кунсткамера и т.п.), лучше не пытаться все охватить, а выбрать те залы которые наиболее интересны вам и сыну (например в Эрмитаже у моего пользуется наибольшим интересом Египетский и Рыцарский зал). Как то много написала, но реально все охватить не возможно даже за неделю, все равно от чего-то придется в эту поездку отказаться. И вернуться еще не раз.