У меня в загранпаспорте (давно получала) окончание фамилии "-АЯ" написано как "-AYA", у дочки (паспорт в этом году делали) написано "-AIA".
Может кто сталкивался с разнонаписанием

и знает, является ли это ошибкой

Пыталась выяснить по телефону в УФМС (где получала паспорта), но вразумительного ответа не получила

, предложили подъехать лично