Конкретные места и коттеджи посоветовать не могу. Непонятно, что именно вы хотите, коттедж возле моря, на берегу озера или реки, или вообще подальше от цивилизации
Возможно, стоит поискать по интернет-каталогам, почитать описания и отзывы. Вот два ресурса по Эстонии, где довольно-таки неплохо представлены туристические объекты:
http://goto.ee/ru/razmeschenie/accommodation.html или
http://www.visitestonia.com/en/holiday-accommodation
Сама ими пользуюсь.
Ну и booking.com всегда в помощь.
Например, когда мы собирались снимать коттедж в Латвии, сначала искали по интернету, выбрав подходящее, связались с ними и забронировали. Платили уже на месте. Кстати, в Латвии есть домик на озере под Ригой, он построен прямо на воде. Сама там не жила, но выглядит очень здорово:
http://www.hotelsochi.lv/index_ru.htm
