Так наверное как и в любом редакторе.
Исходный файл на таймлайн и выделить нужное - скопировать на новую video дорожку. Тоже самое со звуком.
Или не нужное выделяем и удаляем.
Далее записываем на диск (носитель) с кодировкой или без (смотря чем потом будем воспроизводить).
virtualdub - бесплатно и легко.
Даже вот инструкция по применению кой-какая есть. http://pctuner.ru/page-id-215.html - перемотайже до "вырезание ненужных фрагментов".
Главное, не забывайте переименовывать файл.
