Я недавно была в Вашей ситуации, покупала комнату сама без агента, у продавца был агент. Я тоже заключала с агенством продавца договор о намерении купить эту комнату и вносила залог в агенство. Сначала просили тоже 50 тыс., но я договорилась на 35 тыс. В замен денег агенство выдало мне сертификат, где прописывалась данная сумма. Все таки продавец тоже хочет подстраховаться, чтобы Вы в последний момент не переметнулись на другой вариант, поэтому берут залог.
А главное внимательно прочитайте договор, особенно ту часть, что касается возврата залога. Удачи Вам